Serve para realizar o diagnóstico de alterações da mucosa (superfície interna) do reto, do cólon, e da porção final do intestino delgado chamado íleo terminal. É importante que o paciente esteja ciente da necessidade de um bom preparo do intestino, assim, as chances de se encontrar possíveis lesões pequenas aumentam e as chances de complicações diminuem. Pessoas com insuficiência cardíaca, renal crônica, diverticulose, constipação, dentre outras situações clínicas, (crianças até 12 anos também), necessitam de preparo personalizado.

É um exame rápido, com duração de 10 a 20 minutos não havendo necessidade de internação e o paciente pode voltar para casa logo após o final do exame. Para a realização, o paciente é colocado de lado e uma veia do braço é puncionada para administração de medicamentos sedativos e analgésicos. O endoscópio é introduzido pela boca, passando através da orofaringe, esôfago, estômago e duodeno. Enquanto avança pelo sistema digestivo, o gastroenterologista avalia o estado da mucosa e procura lesões. O endoscópio é introduzido apenas no trato digestivo, não havendo nenhuma interferência no trato respiratório, por isso o paciente não sente dificuldade em respirar. Caso haja lesões, o médico pode realizar a biópsia para avaliar posteriormente. Se pólipos forem encontrados podem ser retirados. No caso de lesões sangrantes, o gastroenterologista pode cauterizar a lesão, estancando a perda de sangue. O endoscópio também serve para dilatar constrições do esôfago ou para retirar objetos estranhos que tenham sido engolidos.

Para maximizar os resultados e diminuir os riscos de complicações, o paciente não deve se alimentar nas 4 a 8 horas antecedentes ao exame. Água pode ser ingerida até 3 horas antes do procedimento. O estômago deve estar vazio para não haver risco de vômito durante o exame, assim e o médico poderá visualizar o interior sem ser atrapalhado por restos de alimentos. A maioria dos medicamentos podem ser mantidos até o momento do exame, porém ingeridos com pequenos goles de água. Alguns remédios podem necessitar de ajustes na dose, devido ao jejum por até 8 horas antes da endoscopia. Não há necessidade de tomar antibióticos. Se a endoscopia for indicada de urgência o exame acaba sendo realizado sem tais preparos.

A endoscopia digestiva é um procedimento bastante seguro e com baixo risco de complicações na maioria dos pacientes. Com os aparelhos devidamente esterilizados e seguindo todos os protocolos, não há risco de contrair infecções após uma endoscopia digestiva.